Depuis le crash d'avion, la ville
d'Albuquerque est en deuil. Walter, traumatisé depuis qu'il sait qu'il est en
partie responsable, refuse néanmoins d'accepter la réalité. Skyler apprend le
secret de Walter, demande le divorce, mais promet de garder le secret du
travail de Walter pour leurs enfants. Walter ne l'entend pas de cette oreille,
refuse de quitter sa femme et tente d'expliquer ses actes. Skyler se jette
alors dans une aventure avec Ted, son patron.
Jesse est sorti de cure de
désintoxication, mais il n'a pas oublié Jane, sa petite amie, morte étouffée
dans son vomi à cause de l’héroïne. Il rachète l'ancienne maison de ses
parents, dans laquelle il vivait, avec l'aide de Saul, qui lui demande de
pousser Walt à reprendre la production de drogue. Jesse choisit de le faire
seul, sans l'accord de Walter.
Pendant ce temps, les deux cousins
Mexicains de Tuco veulent le venger et tuer « Heisenberg », l'alter ego de Walt
dans le milieu de la drogue. Walt est sauvé de justesse par Gus, qui veut
protéger son investissement au risque de provoquer une guerre entre barons de
la drogue américains et mexicains.
Avec l'apparition de la production
de Jesse et la liaison de Skyler, Gus voit un plan pour ramener Walt dans la
production. Il parvient à le convaincre en lui offrant un laboratoire nec plus
ultra et secret. Il accepte alors l'offre, signe les papiers du divorce et
laisse Jesse en plan.
Hank est lui aussi encore sous le
choc de la tête piégée de Tortuga, et cherche un moyen de mettre en prison tous
les trafiquants de drogue. Il abandonne ainsi sa chance de rejoindre le Texas
pour se consacrer à l'affaire Heisenberg, qu'il pourrait résoudre en retrouvant
la trace du camping-car. Walter intervient à temps pour éviter que Hank ne
capture Jesse, mais le camping-car est détruit pour éviter de trouver toute
preuve.
Gus, ne tenant plus les cousins qui
réclament vengeance pour Tuco, leur offre une nouvelle cible : Hank, qui
devient dangereux. Hank évite de justesse la mort face aux frères grâce à un
appel anonyme reçu une minute auparavant. Il tue un des deux frères, l'autre
est écrasé entre deux voitures. Cette opération provoque une descente de police
chez l'associé mexicain de Gus, qui est tué dans l'assaut.
En voyant Gus venir au chevet de
Hank, puis le frère survivant tenter de se ruer vers lui malgré ses jambes
amputées, Walter comprend que l'appel anonyme venait de Gus, qui voulait
prendre le contrôle total du trafic. En échange de son silence, Walter demande
à ce que sa famille soit protégée même après sa mort.
Walt et Jesse reprennent donc la
production, mais le jeune homme est toujours décidé à monter sa propre affaire,
malgré les conseils de Saul. Il commence ainsi à détourner une partie du
surplus de la drogue préparée pour la revendre avec ses deux compères aux
membres du cercle des Toxicomanes anonymes que fréquente Jesse.
Walt se doute de la chose, mais
choisit de se taire en prévenant Jesse qu'il ne pourra peut-être pas le couvrir
si le trafic tourne mal. Malheureusement, le plan de Jesse ne fonctionne pas.
Mais le cercle lui permet d'en savoir plus sur la mort de Combo, en rencontrant
la sœur du garçon qui a abattu son ami.
Les soins que doit suivre Hank pour remarcher s'annoncent chers et ne sont pas couverts par l'assurance de Marie. Skyler propose donc de puiser dans l'argent de Walter pour les payer, profitant ainsi de l'occasion pour expliquer la rupture du couple White par des problèmes de jeu. Walter et Skyler se rapprochent pourtant quand cette dernière avoue ne pas avoir officialisé le divorce pour s'impliquer dans l'affaire en se chargeant du blanchiment de l'argent.
Walter hésite encore à la laisser faire quand il apprend que Jesse compte venger Combo, tué par deux dealers dont l'employeur n'est autre que Gus. Après avoir tenté d'arranger l'affaire discrètement avec Saul et le détective privé, qui travaille aussi pour le Mexicain, Walter choisit finalement de tout révéler à Gus, qui parvient à trouver un arrangement n'impliquant plus d'enfants. Mais peu après, le garçon est retrouvé mort, tué par balle. Jesse s'apprête à les abattre quand Walter débarque et se charge lui-même des dealers.
Gus est furieux, mais Walt parvient à le convaincre de le laisser continuer à « cuisiner », tout en s'assurant de la sécurité de Jesse avec l'aide de Saul, d'après lui parti loin d'Albuquerque.
Néanmoins, Walt est surveillé et retravaille avec Gale. Walt comprend rapidement que Gus compte retrouver Jesse et le tuer, tout comme Walt, une fois que Gale pourra « cuisiner » seul.
Walt décide donc de tuer Gale avant
qu'il ne soit trop tard. Jesse trouve son adresse, et Walt se décide à
l'abattre quand Mike le fait venir à la laverie. Il parvient à prévenir Jesse
qu'il doit tuer Gale lui-même, s'assurant ainsi leurs survies. La saison se
conclut sur un Jesse en larmes, tenant en joue Gale, et un coup de feu
retentit.
FIN DE LA SAISON 3
